Die Manuelle Therapie befasst sich mit der Untersuchung und Behandlung von Funktionsstörungen des Bewegungsapparates, wobei der Schwerpunkt im Bereich der Wirbelsäule liegt. Damit sei aber nicht gesagt, dass Beschwerden im Bereich der Extremitätengelenke (z. B. Schulter, Hüfte, Knie, Ellenbogen, Fuß oder Hand) ausgeschlossen sind. Das Wort Funktionsstörung wird hier im Sinne einer verminderten oder einer vermehrten Beweglichkeit der Gelenke aufgefasst. Diese Störung kann jedoch nicht nur rein mechanisch gesehen werden, da der Mensch eben nicht wie eine Maschine funktioniert, sondern durch Muskeln bewegt und von Nerven gesteuert ist. Das bedeutet aber auch, dass die Wirkung der Behandlung nicht nur in der freien und ungestörten Beweglichkeit der Gelenke zu sehen ist. Der Manualtherapeut kann durch seine Behandlung auch auf eine Schwindelsymptomatik, auf Kopfschmerzen oder Tinnitus und auch auf ausstrahlende Schmerzen Einfluss nehmen. Bevor dieser jedoch Hand anlegt, müssen zuerst eine ärztliche Diagnose und eine entsprechende Verordnung zur Manuellen Therapie vorliegen. Nachdem eine eingehende Anamnese (Befragung des Patienten nach seinen Beschwerden durch den Therapeuten) durchgeführt wurde, beginnt die Funktionsuntersuchung des Bewegungsapparates. Die Ergebnisse werden in einem Befundbogen dokumentiert, damit man jederzeit darauf zurückgreifen kann. Passen die anamnestischen Angaben und die gefundenen Funktionsstörungen zusammen, kann eine Therapie durchgeführt werden. Sowohl die Untersuchung als auch die durchgeführten Behandlungsmethoden unterliegen wissenschaftlich begründeten Verfahren.
Ein Schwerpunkt in der Behandlung stellt sicherlich die Mobilisation eingeschränkter Gelenke dar. Mit langsamen, wiederholenden Bewegungen versucht der Manualtherapeut die Beweglichkeit wieder herzustellen. Weichteiltechniken (Verfahren zur Beseitigung von muskulären Verspannungen) gehören genauso zum Repertoire des Therapeuten wie auch die Anleitung und Durchführung eines gezielten Muskelaufbautrainings, damit die Behandlungserfolge gefestigt werden.
Manuelle Therapie ist in Deutschland eine berufliche Weiterbildung (nach der abgeschlossenen Berufsausbildung), die mindestens 260 Stunden umfasst und nach bestandener Prüfung den Therapeuten berechtigt, ärztliche Verordnungen mit Manueller Therapie anzunehmen und gegenüber der Krankenkasse abzurechnen. Die OMT (Orthopädische Manuelle Therapie) hingegen umfasst über 1000 Stunden (das entspricht 25 Arbeitswochen)und enthält neben den Inhalten der Manuellen Therapie auch noch osteopathische Techniken, Grundlagen wisssenschaftlichen Arbeitens, Grundlagen der Röntgendiagnostik und medizinisches Aufbautraining. Die hohen Standards der OMT-Ausbildung werden durch die Weltorganisation der Manualtherapeuten festgelegt.